| ohrA |
----TGTGTGCAATTTAG---TTGCGC------GCGATCAAATGGCGTGC---TCTACT---TGGGGCT/GT/CAGGCACA------- |
| dagA |
-----GCAGCCGTACCGA---TTGTCA-----CCCTGCGACACTCCGCTG---TAGCAT---TCGGGAA/A/CCGGTTCAC------- |
| rrnD |
--GTTCCCGCAAGAGCCG---TTGACA------CGGAGCGAGCGGGGAGG---TAGATT---CGAAC/A/GTTGCCTGG--------- |
| glcP1 |
-TCACAGCTCTCGCCCTC---TTGACT-------TCGATACTTGAAGGCA---TAGTCT---CTGCA/A/CGTTGCTTT--------- |
| afsS |
-----GGTAGCCGGAGCG---TTCAGC---GTTCGTTTATCTCCCCCTGG---CACTGT---CATCT/C/CGTCAGACC--------- |
| phoC |
-CCTGCCCGTTCAGGGCG---TTTTGT------CTGCTTAACATGCGGGG---TCCGCG---CATC/G/CCCCGCTGT---------- |
| phoC |
-------CCTCCTGTGTG---ATCACT-----CCGCAAGCCCTGCCCGTT---CAGGGC---GTTTTGTCT/G/CTTAACATG----- |
| phoD |
------TTTGCGAGTTCG---CCCACT-----CGCGCGCGTACCGATCAG---TAACCT---GATCGGCC/G/TGACCAGTC------ |
| redD |
AATCCGATCGTTCGGTGG---ATGACG------GGTGGGGGAGTGCTTGC---CACGAT---GGA/C/CCGGTTCGA----------- |
| actII-ORF4 |
----TGACGGCAAGCACA---TTGAAA-----TCTGTTGAGTAGGCCTGT---TATTGT---CGCCCC/C/AGGAGACGG-------- |
| crgA |
-AATTGCTCAACGTACCC---TTATCT-------CCTTCGGCGCCACGGA---AGGACT---ACGCT/AA/CGGACGCC--------- |
| pqrA |
----CGCACACCCAGAGT---GAGACA-----AAATTGTCTCATGTGGGT---TATTGT---TGTCTC/A/TGGCCGTTG-------- |
| malR |
-----GGCGCCCGATCGG---TGTGCA------AGGGAGCGGCCGACAGG---TACAGT---CCACCCCT/G/TGACCACAC------ |
| ohrR |
------TGCACACAACTA---AATCGC------GGACAAGGCCAGTCGGC---TACCCT---GGAGCGC/A/T/GA/CCACGCCC--- |
| catR |
-----AAATCACACCCAT---TCGGGA-----CCTGGTCCCCCTTGCTGT---TAGGCT---GATGTGT/A/TGAGTGACC------- |
| catR |
--GCACGAACCGCGCCTC---TTGGCC------AATGCCGCCCCGGTTCC---TACAAT---GGACA/G/TGTCTAA/T/T------- |
| catA |
---GCTCTAGATGCCGCC---TTGCCT-------TAGATCCTGTCCAAGG---TAGGGT---GGTGGCT/G/CGAAGAACC------- |
| sigN |
--------GATGTCGACA---TGTCAC---TACAGCGCGTTGCCGACATG---TGACAT---TCTGCCGG/A/GACGCGTTT------ |
| bldD |
--GTGCGGACCATTCGGC---TTGACG-----CAGCAGAGTAACGCTGCG---TAACCT---CACA/G/TGAGTTACC---------- |
| bdtA |
----GATGGGTGCACCTC---TTCCCC-----ATTCGCATCACCCGCCCC---TACATT---GGGGAGT/G/AGCACGCAG------- |
| furA |
-----GTCGTTCGTTTCC---TTGAGC-----CGTTCGTGTCCCAGGGAG---TAGGTT---CGCCGCC/A/T/G/ACGGCAT----- |
| scbA |
---CTCCCCCGGGAAGGA---TAGAAA------AAAAACCGCTCAGTCTG---TATCTT---AACGTT/C/GCGCATACA-------- |
| scbR |
-----TTGTTCGATCGAG---TTGGCA-----TCGGACGCAGAATTGATC---AAAACT---ACTGCTT/C/GGGCATGGG------- |
| kasO |
-----AACGGTCTCTGCT---TTGACA-----AACCGGTGTGCTGGTTTG---TAAAGT---CGTGGCC/A/GGAGAATAC------- |
| ssgA |
---CTGAAAACTCACTCC---TTGTGA-----TCTGGTGTGTACGTTGAG---CAAGAT---GCCAT/CA/GTGTTAGA--------- |
| agl3R |
----TCAAGAGTCTGCAA---CCCACA-------GACACACGATCATCGA---TAAGAT---GCGAAGAC/G/TTCTACGAA------ |
| agl3E |
--GACAACCGCGTAACAG---GAGTCA-------TCATATCGCCTATCGA---TAGAAC---ATAATC/GA/TAGGGAGG-------- |
| vdh |
------TCCTGAGCACTG---TGCGGC-----GGGCCGGTACACCCAGGC---TCTAAT---CTCGTGCC/A/CAGTCCCCG------ |
| absA1 |
------------CGGCAG---ATCCGG-----CGGCCGGGGCCGCTCTTG---TAGCGT---GCTGGAATGCACCG/A/TGGCAGGCC |
| glnII |
----GTTCACCTACGGGC---AACGGT-----CGGGAAATCGCCCGTTGG---CACGCT---GCACGGC/A/GTAGACGC-------- |
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